SEは、特に納期前などには多忙を極め、長時間の残業を強いられる方がたくさんいらっしゃいます。
しかしながら、裁量労働制を理由に、残業代が一部しか支給されないケースや、サービス残業が会社の常識となってしまっているようなこともお聞きします。
当然ながら、SEについても、働いた分の残業代請求は可能です。「プログラマーであれば、裁量労働制が適用される」というのは正しい解釈ではありません。
裁量労働制の対象となるのは、「情報処理システムの分析又は設計の業務」を行う者だけです。
単に、プログラムの設計又は作成を行うプログラマーには裁量労働制は適用できません。残業代請求が可能です。
また、仮に「情報処理システムの分析又は設計の業務」に該当しても、会社が従業員代表との協定を締結するなど、必要な手続きを行っておらず、やはり裁量労働制が適用されないケースも見られます。

なお、「情報処理システムの分析又は設計の業務」とは、（１）ニーズの把握、ユーザーの業務分析等に基づいた最適な業務処理方法の決定及びその方法に適合する機種の選定、 （２）入出力設計、処理手順の設計等アプリケーション・システムの設計、機械構成 の細部の決定、ソフトウェアの決定等、（３）システム稼働後のシステムの評価、問 題点の発見、その解決のための改善等の業務をいうと解されています。